食品微生物的检测主要包括食品污染指示菌和致病菌含量的测量，并且随着技术的发展，食品微生物检测技术从检测方法上分可以分为常规检测方法、分子生物学技术、其他检测技术，每一种检测技术都各有优缺点，在检测技术选择时需要根据具体检测内容和条件进行选择，食品微生物检测技术无论在社会层面还是经济层面都有着十分重要的意义。
食品微生物检验的指标就是根据食品卫生的要求，从微生物学的角度，对不同食品所提出的与食品有关的具体指标要求。我国卫生部颁布的食品微生物指标有菌落总数、大肠菌群和致病菌三项。
1．菌落总数
菌落总数是指食品检样经过处理，在一定条件下培养后所得1a或1mL校样中所含细菌苗落的总数。它可以反应食品的新鲜度、被细菌污染的程度、生产过程中食品是否变质和食品生产的一般卫生状况等。因此它是判断食品卫生质量的重要依据之一。
2．大肠菌群
包括大肠杆菌和产气杆菌的一些中间类型的细菌。这些细菌是寄居于人及温血动物肠道内的常居菌，它随着大便排出体外。食品中如果大肠菌群数越多，说明食品受粪便污染的程度越大。故以大肠菌群作为粪便污染食品的卫生指标来评价食品的质量，具有广泛的意义。
3．致病菌
致病菌即能够引起人们发病的细菌。对不同的食品和不同的场合，应选择一定的参考菌群进行检验。例如：海产品以副溶血性弧菌作为参考菌群，蛋与蛋制品以沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌等作为参考菌群，米、面类食品以蜡样芽胞杆菌、变形杆菌、霉菌等作为参考菌群，罐头食品以耐热性芽胞菌作为参考菌群等等。
4．霉菌及其毒素
我国还没有制定出霞菌的具体指标，鉴于有很多霉菌能够产生毒素，引起疾病应该对产毒霉菌进行检验。例如：曲霉属的黄曲留、寄生曲留等，青霉属的桔青留青留等，镰刀霉属的串珠镰刀舀、禾谷镰刀霉等等。
5．其他指标
微生物指标还应包括病毒，如肝炎病毒、猪瘟病毒、鸡新城疫病毒、马立克氏病毒、口蹄疫病毒、狂犬病病毒，猪水池病毒等；另外，从食品检验的角度考虑，寄生虫也被很多学者列为微生物检验的指标：如旋毛虫、住肉袍子虫、蛔虫、肺吸虫、弓形体、螨、姜片吸虫、中华分枝睾吸虫等等。
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