随着工农业生产和城市建设的高速发展，城市生活用水、工业废水、残留的农药化肥等被大量排放到农业灌溉用水中，导致水体污染，有害物质浓度超标，理化性质发生改变。受污染水源被直接或间接引入到农田中，导致土壤板结、盐碱化，农作物严重减产甚至绝收，有害物质在农作物中大量累积，从而影响人类的身心健康。
农田的灌溉水主要是地表水、地下水、处理后的养殖业废水及以农产品为原料加工的废水。我国农业需水量大，但水资源不丰富，且污染越来越严重。各种污染物被作物吸收后，都会被生物富集且有生物放大效应，严重危害健康。
受到污染的水质中常含有大量酸、碱类物质。酸碱度不适当，可能造成作物生长缺乏养分，或吸收了有毒元素，造成生理危害，因此要求灌溉水的pH值允许范围是5.5～8.5。
水中的重金属经过长期灌溉，可造成土壤污染，被农作物吸收。比如毒性较大的汞，长期灌溉既污染土壤，又污染农产品。而降雨时，含镉高的露天矿区、城市周边堆放、填埋垃圾中的镉会随着雨水淋溶造成污染，很容易就被农作物吸收和富集。
此外，化学需氧量是指示水体被还原性物质污染的主要指标，而石油可造成水体缺氧，甚至抑制水体自净过程。因此除了pH、总汞、总镉、总砷、总铅、六价铬、氟化物和粪大肠菌群参数外，修订还增加了化学需氧量、石油类两项检测指标。
不仅水田、旱地、菜地、园地和牧地等的灌溉用水要符合标准要求，水培蔬菜和水生植物的栽培用水也同样要符合标准要求。
作为水产人应该时刻记住水产养殖中水质的好坏决定鱼类能否健康生长的关键因素，水质的好坏直接影响到产量，因此水产养殖中水质的调节是关键环节，保持水内的生态平衡至关重要。调节水质就应该从了解水质开始。水生生物和陆地生物的生存环境具有较大的差异，如水体的温度相对陆地变化较小，但相同体积内水体中的生物要比陆地生物丰富很多，并且水体中的某些物质繁殖速度快，呈现出一种爆发式的速度.
养殖水体的主要因素可分为四大部分，分别是物理因素、化学因素、生物因素及人为因素。物理因素包括光照、温度、底质条件；化学因素包括溶解氧、pH值、盐度、碱度、硬度、氮、磷、硫、微量元素；生物因素包括水生生物（藻类、浮游动物）、微生物；人为因素包括施肥、投饵、微生态制剂。
