食品微生物学检验是运用微生物学的理论与技术，按照相应的检验方法检测食品中微生物的种类和数量，并根据国家微生物限量标准，评价食品卫生、质量与安全的一门应用性学科。GB 4789.1《食品安全国家标准 食品微生物学检验 总则》规定了食品微生物学检验基本原则和要求，其适用于所有食品的微生物学检验。
一、实验室基本要求
1、检验人员，微生物检验应由具有相应的微生物专业教育或培训经历，掌握包括常规微生物检测、无菌操作、消毒知识、生物防护等相关的知识和专业技能，并具备相应检验资质的人员实施检验。
2、环境与设施，食品微生物检验应在洁净区域进行。洁净区域的级别应按照GB 50687《食品工业洁净用房建筑技术规范》中“附录A 食品生产良好卫生生产环境”中规定的 “Ⅱ级背景下的Ⅰ级”，即传统意义上10000级背景下的100级。病原微生物的分离鉴定工作应在二级或以上生物安全实验室进行，生物安全实验室应按照GB 50346《生物安全实验室建设技术规范》设计和施建，并符合《中华人民共和国生物安全法》(草案)、GB 19489《实验室 生物安全通用要求》等要求，以保证人员与环境的生物安全。
3、实验设备，实验室应配备满足检测工作要求的仪器设备，如天平、培养箱、水浴锅、冰箱、均质器、显微镜、生物安全柜等。其中培养箱的配置应考虑到用途、控温范围、控制精度和数量的要求。对结果有重要影响的仪器的关键量或值，如培养箱温度及其均匀性和稳定性等指标要求，应纳入设备的校准/检定计划，并保证校准/检定设备的修正因子/误差得到及时更新和正确使用。
4、检验用品，无菌采样容器、试管、平皿、锥形瓶等在使用前应保持清洁和/或无菌。无菌工器具和器皿应有明显标识以与非无菌工器具和器皿加以区别。
5、培养基和试剂，培养基和试剂的制备和质量要求按照GB 4789.28的规定执行。
6、质控菌株，实验室必须保存有满足试验需要的标准菌种/菌株，除检测方法中规定的菌种外，还应包括应用于培养基（试剂）验收/质量控制、方法确认/证实、阳性对照、阴性对照、人员培训考核和结果质量的保证等所需的菌株。标准菌株应可溯源至微生物菌种保藏专门机构或专业权威机构。
二、样品的采集
1、采样原则，采样是食品检验过程中首要而且极其重要的环节，其对检验的结果的有效性有着直接影响。因微生物分布的不均匀性，采样应遵循随机性和代表性的原则，过程遵循无菌操作程序，防止一切可能的外来污染。
2、采样方案，根据检验目的、食品特点、批量、检验方法、微生物的危害程度等确定采样方案。采样方案分为二级和三级采样方案。二级采样方案设有n（同一批次产品应采集的样品件数）、c（最大可允许超出m值的样品数）和m值［微生物指标可接受水平限量值(三级采样方案)或最高安全限量值(二级采样方案)］，三级采样方案在二级采样方案的基础上设有M值（微生物指标的最高安全限量值）。对于沙门氏菌、单核细胞增生李斯特氏菌、大肠埃希氏菌O157:H7等危害程度高的微生物，GB 29921《食品安全国家标准 食品中致病菌限量》中规定均为二级采样方案：n=5，c=0，m=0。对于金黄色葡萄球菌和副溶血性弧菌危害程度较低的微生物，GB 29921规定均为三级采样方案，如水产制品中金黄色葡萄球菌和副溶血性弧菌限量标准均为：n=5，c=1，m=100 CFU/g，M=1000 CFU/g，含义是从一批产品中采集5个样品，若5个样品的检验结果均小于或等于m值(≤100 CFU/g)，则这种情况是允许的；若≤1个样品的结果(X)位于m值和M值之间(100 CFU/g。
