菌落总数是指食品检样经过处理，在一定条件下(如培养基、培养温度和培养时间等)培养后，所得每克(或毫升)检样中形成的细菌菌落总数。菌落是指细菌在固体培养基上生长繁殖而形成的能被肉眼识别的生长物，它是由数以万计的相同微生物集合而成。当样品被稀释到一定程度，与培养基混合，在一定培养条件下，每个能够生长繁殖的细菌细胞都可以在平板上形成一个可见的菌落。
菌落总数和致病菌有着本质区别，菌落总数包括致病菌和有益菌，菌落总数超标也意味着致病菌超标的机会增大，但不能直接说明致病菌超标，要进一步进行致病菌检测。食品的菌落总数严重超标，说明其产品的卫生状况达不到基本的卫生要求，将会破坏食品的营养成分，加速食品的腐败变质，使食品失去食用价值。消费者食用微生物超标严重的食品，很容易患痢疾等肠道疾病，可能引起呕吐、腹泻等症状，危害人体健康安全。
按国家标准方法规定，即在需氧情况下，37℃培养48h，能在 平板计数 琼脂平板上生长的细菌菌落总数，所以厌氧或微需氧菌、有特殊营养要求的以及非嗜中温的细菌，由于现有条件不能满足其生理需求，故难以繁殖生长。因此菌落总数并不表示实际中的所有细菌总数，菌落总数并不能区分其中细菌的种类，所以有时被称为杂菌数，需氧菌数等。
菌落总数检测常用标准：
食品企业常用的两个做菌落总数的标准。
食品国家标准：
GB 4789.2-2016 《食品安全国家标准 食品微生物学检验 菌落总数测定》
生产用水：
GB-T5750.12-2006 《生活饮用水标准检验方法微生物指标》
