从食品卫生观点来看，食品中菌落总数越多，说明食品质量越差，病原菌污染的可能性愈大。每种细菌都有它一定的生理特性，培养时只有分别满足不同的培养条件（如培养温度、培养时间、PH、需氧性质等）,才能将各种细菌培养出来。但在实际工作中，细菌菌落总数的测定一般都只用平板活菌计数法，因而并不能测出每克或每毫升中的实际总活菌数，因此所得结果，只反映一群在普通营养琼脂中发育的、嗜温的、需氧和兼性厌氧的细菌菌落的总数。菌落总数并不能区分细菌的种类，有时被称为杂菌数或需氧菌数等。
细菌总数检测的意义：
1、代表食品清洁状态的标志
（1）食品中的细菌来自其生产、运输、储存、销售各环节中的外界污染；（2）在食品卫生标准中制定各种食品细菌总数的容许限量，可保证食品生产的清洁状态。
2、预测食品耐储藏的期限
例：单位体积的鱼体菌落数目越少，在同样的储藏温度下，其保质期就越长。
大肠菌群是国内外通用的食品污染常用指示菌之一。食品中检出大肠菌群，提示被致病菌（如沙门氏菌、志贺氏菌、致病性大肠杆菌）污染的可能性较大。《食品安全国家标准 冲调谷物制品》（GB 19640—2016）中规定，同批次5个独立包装产品中大肠菌群的检测结果均不得超过102CFU/g，且至少3个独立包装产品检测结果不超过10CFU/g。冲调谷物制品中大肠菌群超标的原因，可能是产品所用原料、包装受到污染；也可能是生产加工过程的卫生条件控制不严格等。
其他食品检测项目：
重金属：镉Cd、铬Cr、铅Pb、砷As、汞Hg、重金属总量；
硝酸盐类：硝酸盐、亚硝酸盐；
生物毒素：黄曲霉素M1、B1、B2、G1、G2、呕吐毒素、赭曲霉毒素A、T-2毒素、玉米赤酶烯酮、微囊藻毒素-LR；
其他毒害物质：丙烯酰胺、二甲基亚硝胺、二乙基亚硝胺；
其他污染物：六氯苯、烷基汞。
