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微生物指标是衡量食品安全较常见、最重要的因素之一 。食品中如果含有超出一定数量的微生物，不仅会使食物变质、腐败、失去营养价值，而且还会危害人类的健康和安全。
非致病菌：菌落总数，大肠菌群，大肠杆菌，乳酸菌，霉菌，黄曲霉素，大肠杆菌和酵母菌等
致病菌：大肠埃希氏菌，沙门氏菌，志贺氏菌，金黄色葡萄球菌，溶血性链球菌，单核细胞增生李斯特氏菌，副溶血性弧菌等
食品微生物检验方法是食品质量管理必不可少的重要组成部分，它是贯彻“预防为主”的方针，可以有效地防止或者减少食物人畜共患病的发生，保障人民的身体健康。食品微生物检验是衡量食品卫生质量的重要指标之一，也是判定被检食品是否食用的科学依据之一。通过食品微生物检验，可以判断食品加工环境及食品卫生情况，能够对食品被细菌污染的程度作出正确的评价，为各项卫生管理工作提供科学依据。
食品微生物检验主要通过微生物的分离培养、生理生化反应、显微镜检查等方法来对食品的微生物数量和种类进行检测，以便对食品的质量及加工过程中的卫生情况进行可靠的评价
