鲜蛋利用其自身防护机制可以抵御外界微生物的入侵，从蛋的外部结构来看，鲜蛋外面有三层结构，即外层蜡状壳膜、壳、内层壳膜。每一层都在不同程度上有抵御微生物入侵的功能。从鸡蛋内部的成分看，蛋白中含有溶菌酶，这种酶能有效抵制革兰氏阳性菌的生长；蛋白中还含有抗生蛋白，能与维生素H形成复合物，使得微生物无法利用这一生长所需的维生素。蛋白的pH高（pH约9.3)，并含有伴清蛋白，这种蛋白和铁形成复合物，使其不能被微生物所利用，但另一方面，鲜蛋黄的营养成分和pH又为绝大多数微生物提供了良好的生长条件。
鸡蛋中存在的菌主要为下列属的以下细菌：假单胞菌、不动细菌、变形杆菌、气单胞菌、产碱杆菌、埃希氏菌、微球菌、沙门氏菌、赛氏杆菌、肠细菌、黄杆菌属和葡萄球菌。常见的霉菌有毛霉、青霉、单胞枝霉等。球拟酵母是唯一能检出的酵母。
检测项目包括：
感官指标：色泽、气味、状态、异物、蛋黄、蛋白等。
理化指标：蛋重、净含量、甲基汞、氯化物、氯化钠、水分、脂肪、蛋白质、油脂含量、PH、总碱度、游离脂肪酸、酸度(以乳酸计)等。
微生物指标：商业无菌、菌落总数、大肠菌群、致病菌(沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌)等。
营养标签：能量、蛋白质、脂肪、碳水化合物、钠等。
有害物质：无机砷、铅、锌、镉、总汞、六六六、滴滴涕、挥发性盐基氮、苏丹红Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ。
禽蛋检测标准：
鲜蛋 GB 2748-2003
鲜鸡蛋 SB/T 10277-1997
皮蛋 GB 9694-1988
卤蛋 GB/T 23970-2009
蛋制品 GB 2749-2003
咸鸭蛋黄 SB/T 10651-2012
咸蛋黄 DB44/554-2008
蛋黄酱 SB/T 10754-2012
真空软包装卤蛋制品 SB/T 10369-2012
